新規ろ過・抽出法(BC法)と学会法の総合比較 技術情報1 最近開発された微細流路を使用したろ過・抽出法(ビリューチップ法orBC法;参照論文)は図-1に示すような流路チップを使用して、環境DNA測定の前処理がでる今までにない方法です。そこでこのBC法の性能(ろ過&抽出効率)をこ […] 続きを読む
フィルタリング量とメタバーコーディング時の検出種数の関係 技術情報1 メタバーコディングする場合のフィルタリング量(ろ過量)と検出種数の関係はパシフィックコンサルタンツ(PCKK)さんが公開している資料が参考になります。この資料によると(キアゲン法で抽出した場合は)図-1のようにフィルタリ […] 続きを読む
BC法と学会法の抽出効率の差(検出限界の比較) 技術情報1 最近開発したビリューチップを使用したろ過&抽出法(ビリューチップ法/BC法)は、学会のマニュアルにあるキアゲン社のキットを使用した方法(学会法と呼んでます)と比べて圧倒的に手順は簡単で誰にでもできます。 一方で簡単だけど […] 続きを読む
学会マニュアルを改良したキアゲン抽出手順(ATL法) 作業手順1技術情報1 1.はじめに 今回は今後環境DNA測定に役立つと思われる論文(http://doi.org/10.1002/edn3.406)の紹介になります。 環境DNA学会のマニュアルに記載されているキアゲン(Qiagen)社の […] 続きを読む
内部標準による抽出&PCR阻害の補正 技術情報1 以前の投稿で、環境水に含まれる夾雑物によってPCR阻害のみならず抽出阻害も発生することを実験データと共に示しました。PCR阻害はPCR前に標準物質を入れること、もしくは抽出液を薄めることで阻害の有無とその程度を推測でき […] 続きを読む
ビリューチップ(BC)法による濾過・抽出手順 作業手順1 環境DNA測定時に使用する全く新しい濾過・抽出法です。まだ最終形状ではありませんが、想定通り簡単に短時間(3分程度)で処理ができ特段のスキルも不要なのにもかかわらず、学会マニュアルの方法の1/20程度の濾過量でほぼ同程 […] 続きを読む
キアゲン抽出時のBuffer-AEの量とDNA濃度 技術情報1 環境DNAの検出を行う場合、多くの場合なるべく高濃度の抽出液を得たいと思うはずです。ここでは高濃度に抽出するためのヒントになるデータがありますので紹介します。 学会のマニュアルに記載されているキアゲン社キット(DNe […] 続きを読む
キアゲン抽出法と簡易抽出法の効率比較(2) 技術情報1 環境DNA学会のマニュアルにあるキアゲン抽出法(学会法)とこのサイトで紹介している簡易抽出法の比較は、効率比較(1)で簡単な効率比較の例を紹介しました。内容はコイのいる池の水をもちいて二つの方法で抽出し、増幅曲線からC […] 続きを読む
簡易抽出法でのステリベクスからの試料取り出し口の差 技術情報1 簡易抽出法(HS法)に於いて、抽出後の抽出液をステリベクスの注入口から取り出す場合と排出口から取り出す場合でCt値を比較しました。結果は同じというデータになっています。 続きを読む