水中の環境DNAのサイズは1～10umのものが主体であり、6um以下が半分との結果が出ています（別の投稿参照）。
ではここで「どのような状態で存在するの？」という疑問が湧いてくると思います。
この回答は以下事実から（乱暴な言い方をすると）水中の環境DNAの多くはミトコンドリアもしくはそれを含んだ細胞辺の状態で流れていると考えられます。
知っている範囲の事実
・環境DNAの測定はまず0.45～0.7umの穴径を持つフィルタで捕集して検出する。
・環境DNAでは多くの場合ミトコンドリアに含まれるDNAを検出している。
・そのミトコンドリアのサイズは短径0.５um程度・長径0.5～10um程度の楕円形。
・環境DNAのサイズは1～10umのものが主体であり、6um以下が半分との結果がある。
なお、ミトコンドリアが分解してさらにDNAの状態で流れているものもあるかもしれませんが、これは今の環境DNA測定技術では検出できていません。
ちなみに学会マニュアルにあるステリベクスは0.45umのフィルタを使用しておりますが、このフィルタを通過した濾過水を更に0.22umのフィルタ濾過し環境DNA測定を行った結果、0.45umに比べて1/10程度のDNAしか検出できませんでした。